ნავთობით დაბინძურებული ნიადაგის გაწმენდისთვის, სანიტარის ბაზაზე შექმინილია სპეციალური მოედანი, სადაც ხდება განთავსება და შემდეგ სპეციალური ქიმიური მინარევებით მისი გასუფთავება. ნავთობით დაბინძურებული ნიადაგების ბიორემედიაციის პროცესი შედგება ორი სტადიისაგან: პირველ სტადიაზე დაბინძურებულ ნიადაგს ათავსებენ რკინაბეტონისგან დამზადებულ მოედანზე. გაშლის შემდეგ ნიადაგში შეაქვთ, შეძლებისდაგვარად თანაბრად, დამზადებული, დაპანტენტებული პრეპარატი და სოკოები, რომელიც იყენებს ნავთობდესტრუქტორი მიკოორგანიზმების ბიომასის დაგროვების მეთოდს. პრეპარატის შეტანის შემდეგ მორიგეობით იქმნება ანაერობული და აერობული პირობები..
ანაერობული პირობების განხორციელება ხდება დაბინძურებული ნიადაგის უხვი მორწყვით. ამ შემთხვევაში, სტიმულირდებიან აღდგენის რეაქციები და ანაერობული პირობები ნარჩუნდება ერთი-ორი კვირის განმავლობაში. მეორე სტადიაზე იქმნება აერობული პირობები, რისთვისაც ხდება ნიადაგის გაფხვიერება, რათა უზრუნველყოფილ იქნეს ჰაერის ჟანგბადის თავისუფალი მიწოდება, რაც ასტიმულირებს დაჟანგვის ბიოქიმიურ პროცესებს. ეს სტადია გრძელდება ერთი კვირა. ამით ნავთობური ნარჩენები განიცდიან დაშლას. ანაერობული და აერობული პროცესების შეცვლა მეორდება რამოდენიმეჯერ, ვიდრე ნავთობპროდუქტების შემცველობა ნიადაგში დაშვებულ ნორმამდე არ შემცირდება. გარკევული დორის შემდეგ ხდება ანალიზების აღება და თუ ნიადაგი გაწმენდილია ვაბრუნებთ ბუნებაში თუ არა, პროცესი გრძელდება ზემოთ აღნიშნული მეთოდით.
